آیا بازداشتگاههای سپاه و اطلاعات یا نیروی انتظامی مستقل هستند؟ چه کسی مسئول این بازداشتگاهها هست؟ آیا مقررات زندان نسبت به این بازداشتگاهها نیز جاری است؟
بازداشتگاههای امنیتی مستقل نبوده و تحت نظارت سازمان زندانها است. بنابرای در این بازداشتگاهها ضروری است آیین نامه اجرایی سازمان زندانها رعایت شود. بر اساس آیین نامه اجرایی نحوه اداره بازداشتگاههای امنیتی در وزارت اطلاعات، سازمان اطلاعات سپاه پاسداران، اطلاعات نیروی انتظامی و سازمانهای حفاظت و اطلاعات نیروهای مسلح مستقر هستند. بنابراین هر گونه بازداشتگاه امنیتی خارج از موارد فوق جنبه غیر قانونی ندارد. بر طبق ماده 1 آیین نامه نحوه اداره بازداشتگاههای امنیتی: «بازداشتگاه امنیتی محل نگهداری متهمانی است كه به لحاظ حساسیت های امنیتی و نظامی و با قرار كتبی مقام های صلاحیت دار قضایی تا اتخاد تصمیم نهایی به آنجا معرفی می شوند و تحت نظر سازمان زندان ها و اقدامات تامینی و تربیتی كشور كه در این آئین نامه به اختصار « سازمان» نامیده می شود اداره خواهدشد.تبصره ) بازداشتگاه های امنیتی صرفاً مربوط به متهمین جرائم امنیتی بوده و واحدهای قضایی از اعزام سایر متهمین و محكومین به این بازداشتگاه ها خودداری خواهند نمود.» بنابراین این بازداشتگاهها صرفا محل نگهداری متهمان امنیتی است و مرجع قضایی دیگر متهمین را نمی تواند به این بازداشتگاهها منتقل کند. بازداشتگاههای انتظامی نیز محل نگهداری موقت متهمان غیر امنیتی برای انجام تحقیقات مقدماتی است.