در بیشتر زندانها، زندانیان از همدیگر تفکیک نشده اند به طوری که زندانیان خطرناک با زندانیانی که جرم سبکی داشته اند یکجا نگهداری می شوند. این امر مشکلات بسیاری را سبب شده است و باعث آزار و اذیت برخی زندانیان می شود. همچنین در بعضی موارد مسئولین زندان عمدا برخی محکومینی که جرایم سبکی داشته اند را به بند مجرمین خطرناک منتقل می کنند. در بیشتر زندنها مجرمین سیاسی نیز به همراه دیگر مجرمین نگاهداری می شوند. آیا در قوانین نیامده که محکومین باید تفکیک شوند؟
بر طبق مقررات مختلف از جمله آیین نامه ها و بخشنامه های مربوط به زندانیان، ذکر شده است که محکومین باید با در نظر گرفتن سن، وضعیت بیماری و نوع جرم و میزان محکومیت تفکیک شوند. با این وجود زندانیان آن طور که لازم است تفکیک نمی شوند و مجرمین دارای مجازات سبک با مجرمین خطرناک در یکجا نگاهداری می شوند. در مورد زندانیان سیاسی نیز قانون جدید جرم سیاسی مقرر کرده است که این زندانیان باید در محل مجزایی از زندانیان عادی نگهداری شوند